自來水廠凈水過程中殺菌消毒主要是去除水中的致病生物，確保飲用水安全。

自來水廠通過一體化凈水設備處理后，要經過殺菌消毒處理才能保證水質衛生安全。在頒發的《生活飲用水衛生標準》GB5749-2006明確要求：生活飲用水中不得含有致病微生物，生活飲用水應經消毒處理；在《室外給水設計規范》GB50013-2006也明確規定生活飲用水必須消毒。

自來水廠消毒的具體目標：

(1)消毒后的出廠水不得檢出總大腸菌群、耐熱大腸菌群、大腸埃希氏菌，并使菌落總數≤100(CFU/mL) 。

(2)消毒后的出廠水還要求賈第鞭毛蟲<1個/10L；隱孢子蟲<1個/10L；

(3)消毒后出廠水中消毒劑的限值，出廠水中余氯和管網末梢水中余氯要符合下表中的相關規定：

目前自來水廠凈水過程中殺菌消毒以氯消毒為主，常見的氯系消毒劑有：氯氣（液氯）、次氯酸鈉、漂白粉、二氧化氯。氯加到水中后生成的次氯酸（HOCL）和次氯酸根（OCL），次氯酸HOCL擴散到帶負電的細菌內部，破壞細菌的酶系統使細菌死亡。次氯酸根（OCL）也有殺菌能力，但殺菌能力比次氯酸（HOCL）要差得多。

1、氯氣（液氯）消毒

氯氣是氧化力很強的黃綠色有毒氣體，具有強烈刺鼻味氣味，采用氯瓶貯存液氯進行消毒，使用時氯氣跟水發生反應生成次氯酸，次氯酸可以起到殺菌消毒的作用，但次氯酸不穩定，會快速分解，不能持續殺菌（如果自來水管夠長），此時余氯可以與水中的氨發生反應生成氯胺，達到持續性消毒的作用。

2、次氯酸鈉消毒

次氯酸鈉液體是一種非天然存在的強氧化劑，殺菌能力同氯氣相當，屬于高效、廣譜、安全的強力滅菌、殺病毒藥劑，滅菌主要是通過它的水解形成次氯酸進行消毒，一般采用次氯酸鈉發生器就地制造、使用。

與其他消毒劑相比較，次氯酸鈉互溶于水，消毒中不產生有害健康和損害環境的副反應物，也沒有沉淀物。可以做到準確投加，操作安全，使用方便，易于儲存，對環境無毒害、不產生第二次污染，可以在任意環境工作狀況下投加。

3、漂白粉消毒

漂白粉的主要成份為次氯酸鈣 [ Ca ( CLO ) 2 ] 和堿式氯化鈣 ( CaCL2 ) ，有很大的氯氣臭味。與空氣中二氧化碳及水發生反應時生成次氯酸 ( HCLO ) ，消毒原理與氯相同。

4、二氧化氯消毒

近年來，很多的自來水廠使用二氧化氯發生器生產二氧化氯溶液對自來水消毒。二氧化氯是一種辛辣黃綠色氣味，在水溶液中相當穩定，是一種高效氧化劑，有強大的去色和漂白能力，能較好地殺滅細菌、病毒，且不對動、植物產生損傷，殺菌作用持續時間長。

自來水廠殺菌消毒除了使用氯系物外，比較常用的還有臭氧消毒、紫外線消毒等。

臭氧消毒

臭氧是一種淡藍色、強烈刺激性有毒氣體，具強氧化性，屬易燃易爆品，常用空氣為原料通過臭氧發生器制備，與氯和二氧化氯一樣通過氧化破壞微生物結構，達到消毒的目的。

紫外線消毒

紫外線殺菌效率高達99.99%，不改變水的物理和化學性質而且沒有任何殘留，不會影響自來水口感，設備比較安全、操作方便。但自來水廠使用紫外線消毒必然會導致細菌再生或者產生二次污染。因此很少有自來水廠使用紫外線消毒。

目前自來水廠普遍采用氯和氯胺消毒、二氧化氯消毒。現將這些自來水廠常用的消毒方法優缺點及適用條件見下表：