農村飲用水一體化凈水設備每次的反沖洗時間約3-5分鐘，反沖洗水量為沖洗水箱的存水量加上反沖洗過程中的進水量。

設備的反沖洗頻率和時間取決于原水水質狀況，設備再在投入運行的初期，濾料層是比較清潔的，過水壓力損失小，在運行一段時間后，水中的泥沙等顆粒雜質被濾層過濾出來，雜質增多水壓損失隨之增加，虹吸上升管中的水位就會慢慢升高。

當虹吸上升管中的水位升高到虹吸輔助管管口時，水便從輔助管中急速流下，依靠水流的挾氣和引射作用，通過抽氣管不斷帶走虹吸管中的空氣，使虹吸管形成真空，虹吸上升管中的水便大量地越過管頂，沿虹吸下降管落下，開始反沖洗過程。

沖洗水箱的水經過連通渠、集水區和配水系統從下而上沖洗濾料層，沖洗廢水通過虹吸管流入排水井后流至溝渠。

在沖洗過程中，水箱的水位逐漸下降，當水位下降到虹吸破壞器緣口以下時，空氣便迅速從虹吸破壞管進入系統，虹吸即被破壞，沖洗過程結束，過濾重新開始。