農村飲水安全工程應由各級水務局（水利局）承擔主要管理責任。

水務局是政府的水行政主管部門，主要負責水利工程建設管理，防汛抗旱，水資源管理等，負責統一管理市、縣水資源（包括地表水、地下水、再生水、外調水）；會同有關部門擬訂水資源中長期和年度供求計劃，并監督實施；組織實施水資源論證制度和取水許可制度，發布水資源公報；指導飲用水水源保護和農民安全飲水和水文管理工作。

一些省份的地方行政法規就明確規定了縣級人民政府是農村飲水安全的責任主體，對農村飲水安全保障工作負總責，負責農村飲水安全工程的行業管理和業務指導。

縣級人民政府是農村飲水安全的責任主體，對農村飲水安全保障工作負總責。 縣級以上人民政府水行政主管部門是本行政區域內農村飲水安全工程的行業主管部門，負責農村飲水安全工程的行業管理和業務指導。 鄉（鎮）人民政府應當配合縣級人民政府水行政主管部門做好農村飲水安全的相關工作，因此農村飲水安全工程一般歸當地水務部門（水務局）主管。