經過近些年農改水工作的大力開展，這些水廠的消毒手段有所改進，但還沒有根本改變消毒技術落后的面貌。中小型自來水廠受建設資金、用途和供水范圍限制，水廠規模不大、產水量較小，在管理和經營水平、凈化設備選擇操作及人員素質等方面與城鎮大型自來水廠有一定差距，使用的殺菌消毒手段也相對簡單、落后。

大多數中小型自來水廠和農村水廠，采用次氯酸鈉發生器殺菌消毒效率低、設備易老化。還有一些農村水廠還在使用漂白粉或次氯酸鈉溶液手工加藥消毒，無法做到定時定量效果無法保證。從安全、管理和貨源的角度考慮，液氯在這些水廠幾乎很少使用。

目前農村自來水廠主要消毒有以下幾種工藝：

(1)采用次氯酸鈉發生器對水消毒工藝：

(2)采用液氯消毒工藝：

(3)漂白粉(漂白精)、次氯酸鈉溶液消毒工藝：

從上述三種工藝看，現有消毒投加方式基本上是手工或簡單的機械加藥。投加量和投加時間難以準確把控，容易造成水中余氯值不穩定，殺菌效果難保證，這是部分水廠自來水余氯時有時無、微生物含量時高時低的主要原因。